בנושא ההדברה במשתלה ניתנת עדיפות לחומרי הדברה לעציצים וצמחים אשר ידידותיים לסביבה ויש מבחר מהם, מעבר לכך יש גם את החומרים הבסיסיים הרגילים כגון: מתזון, ספסן, קונפידור וכו... הכל ע"פ העדפת הלקוח והשקפתו הגננית. כמו כן המוכרים במשתלה ישמחו ליעץ במידע מתאים לגבי מחלות, מזיקים והטיפול בהם.